Baltymus tyrėjai galės projektuoti atviru RFD4 modeliu

Vašingtono universiteto Baltymų projektavimo institutas ir Nvidia atvėrė RFD4-Proteina – modelį naujų baltymų sekoms bei jų trimatėms struktūroms kurti. Spalio 21 dieną UW Medicine pristatytas projektas leidžia tyrėjams atsisiųsti kodą ir modelio svorius, o ne vien naudotis mokama sąsaja.

Oficialioje Rosetta Commons saugykloje nurodyta BSD 3-Clause licencija, leidžianti naudoti ir keisti projektą laikantis jos sąlygų. Toks leidimas svarbus laboratorijoms, kurios nori pačios vykdyti skaičiavimus, tikrinti procesą ar pritaikyti modelį savo molekuliniams uždaviniams.

Projekto dokumentacija aprašo bendrą sekos ir struktūros projektavimą, baltymų prisijungimo vietų nustatymą, antikūnų bei fermentų kūrimą ir esamų struktūrų tobulinimą. Tyrėjas gali pateikti molekulinį kontekstą ir apribojimus, o sistema generuoja kandidatus bei padeda nagrinėti jų variantus.

Pagal saugyklos aprašymą, paleidimui numatyta Linux x86_64 aplinka, Python 3.12 ir Nvidia vaizdo plokštė su CUDA suderinama tvarkykle. Pagrindinėje konfigūracijoje nurodoma CUDA 13, taip pat pateikiami CUDA 12 ir tik procesoriui skirti konteinerių variantai.

Kūrėjai aiškiai pažymi, kad macOS ir Windows nepalaikomos, todėl įprastas nešiojamasis kompiuteris nėra savaime tinkama visaverčio vietinio darbo aplinka. Diegimo metu atsisiunčiamas modelio paketas kartu su automatiniu koduotuvu užima apie 1,7 gigabaito, nurodoma projekto dokumentacijoje.

Tiems, kurie tinkamos vietinės įrangos neturi, kūrėjai pateikia dvi Hugging Face demonstracijas, veikiančias per naršyklę ir reikalaujančias prisijungimo. Viena naudoja asmeninę ZeroGPU kvotą, kita – bendrą skirtų vaizdo plokščių telkinį, o abi tikrina projektus SecureDNA priemone.

UW Medicine pranešime teigiama, kad laboratoriniai bandymai patvirtino dalies modelio sukurtų baltymų numatytą veikimą skirtingose biomolekulinėse užduotyse. Tai nėra teiginys, kad kiekvienas naujai sugeneruotas kandidatas veiks: jo savybes konkrečiomis sąlygomis vis tiek nustato atskiras eksperimentas.

Universitetas nurodo projekto vadovus doktorantus Nathaniel Corley, Maxwell Kazman ir Rafi Brent bei iš Oksfordo atvykusį Kieran Didi. Tyrėjų komandos darbas jungia instituto baltymų projektavimo patirtį su Nvidia generatyvinių modelių technologijomis, tačiau galimi pritaikymai dar nėra patvirtinti vaistai.

Rosetta Commons spalio 23 dienos apžvalga projektą pristato kaip ankstesnių RFdiffusion modelių tęsinį, papildytą Nvidia Proteina pasiekimais. Joje taip pat aprašomas TMol įrankio vaidmuo vertinant sukurtas struktūras ir AtomWorks priemonės, naudojamos duomenims bei modelio darbui.

Saugyklos dokumentacijoje atskiriamas kandidatų generavimas nuo papildomo vertinimo: atlygiu grindžiamai paieškai gali reikėti kitų struktūros prognozavimo modelių ir atskiros aplinkos. Papildomų įrankių ar kartu platinamų išteklių sąlygos turi būti tikrinamos atskirai, nes pagrindinio modelio BSD licencija automatiškai nepakeičia visų trečiųjų šalių komponentų naudojimo taisyklių.

Toliau bendruomenė žada skelbti papildomas mokomąsias vaizdo ir rašytines medžiagas, o vieša saugykla leidžia sekti pataisas bei dokumentacijos pakeitimus. Modelio prieinamumas išplečia galimybes eksperimentuoti, tačiau naujų terapijų ar pramoninių fermentų sukūrimą turės pagrįsti tolesni laboratoriniai tyrimai.